중소기업 취업자 소득세 감면 90%, 신청 안 한 해도 되찾는 경정청구

중소기업에 다니고 근로계약을 맺은 날 기준으로 34세 이하라면, 그 회사에서 받는 월급에 붙는 소득세의 90퍼센트가 깎입니다. 한 해에 200만원까지이고, 기간은 취업일부터 5년입니다. 60세 이상이거나 장애인, 경력단절 근로자라면 3년간 70퍼센트입니다. 여기까지는 널리 알려져 있습니다. 정작 금액이 갈리는 곳은 두 군데입니다. 신청하지 않고 지나간 해를 되찾는 방법, 그리고 회사를 옮겼을 때 5년을 어디서부터 세는지입니다.

대상은 네 갈래, 감면율은 두 갈래입니다

「조세특례제한법」 제30조는 감면 대상을 청년, 고령자, 장애인, 경력단절 근로자로 나눕니다. 청년만 5년이고 나머지는 3년입니다. 한도는 네 갈래 모두 같습니다.

한도 200만원은 세금을 깎아 주는 금액의 상한입니다. 월급의 상한이 아닙니다. 산출세액이 300만원이고 감면율이 90퍼센트라면 270만원이 아니라 200만원까지만 깎입니다. 총급여 5,000만원 안팎이면 대개 한도에 닿지 않고 90퍼센트가 그대로 적용됩니다.

경력단절 근로자는 과거에 경력단절여성만 가리켰지만, 법 조문이 「조세특례제한법」 제29조의8 제2항의 경력단절 근로자를 준용하는 형태로 바뀌었습니다. 재취직한 중소기업의 최대주주나 대표자, 그와 특수관계인이면 제외됩니다.

34세를 셀 때 군 복무 기간은 빼고 셉니다

이 조항을 모르고 지레 포기하는 사례가 많습니다. 병역을 이행했다면 그 기간을 최대 6년까지 나이에서 빼고 계산합니다. 2년간 현역으로 복무하고 만 35세에 근로계약을 맺었다면, 35세에서 2년을 뺀 33세로 보아 요건을 따집니다. 실제 나이가 40세여도 6년을 빼면 34세가 되므로 대상이 됩니다.

빼 주는 병역의 종류는 정해져 있습니다. 현역병, 상근예비역, 의무경찰, 의무소방원, 사회복무요원, 그리고 현역에 복무하는 장교·준사관·부사관입니다. 전문연구요원과 산업기능요원으로 복무한 기간은 빼 주지 않습니다. 다만 이들도 복무를 마치고 중소기업에 취업할 때 나이가 34세 이하이면 그대로 대상이 됩니다.

5년은 회사가 아니라 최초 취업일부터 흐릅니다

여기가 가장 자주 어긋나는 지점입니다. 감면 기간은 회사를 옮길 때마다 새로 시작하지 않습니다. 감면을 받은 사람이 요건을 갖춘 다른 중소기업에 취업하거나 같은 회사에 재취업하면, 최초로 감면받은 취업일부터 중단 없이 계산합니다.

국세청이 든 사례가 분명합니다. 2021년 4월에 A 중소기업에 취업한 청년이 2023년 4월에 퇴사하고 1년을 쉰 뒤 2024년 4월에 B 중소기업으로 재취업한 경우, 감면은 2021년 4월부터 2026년 4월까지 발생한 소득에만 적용됩니다. 쉰 1년도 5년 안에 들어갑니다.

이직할 때 나이를 다시 따지지 않는다는 점은 유리하게 작용합니다. 2021년 6월에 33세로 A사에 취업했고 2023년 6월에 36세로 B사에 옮겼다면, B사 입사 시점의 나이는 요건을 못 채우지만 감면은 그대로 이어집니다. 감면신청서는 지금 다니는 B사에만 내면 됩니다. 이때 A사에서 받은 근로소득 원천징수영수증을 함께 제출합니다.

파견근로자로 일하다가 그 중소기업의 정규직으로 채용된 경우에는, 정규직으로 취업한 날부터 감면이 시작됩니다.

업종이 맞아야 합니다

중소기업이라고 모두 되는 것은 아닙니다. 「조세특례제한법 시행령」 제27조 제3항에 열거된 업종을 주된 사업으로 영위해야 합니다. 판단 기준은 통계청이 고시하는 한국표준산업분류표입니다.

병원 행정직으로 일해도 회사의 주된 사업이 보건업이면 감면이 되지 않습니다. 회계법인 소속이면 직무가 총무여도 마찬가지입니다. 국가와 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관, 지방공기업도 제외됩니다. 반대로 사회복지서비스업을 하는 비영리법인은, 중소기업기본법 시행령의 매출액·자산·독립성 기준을 모두 채우면 대상이 됩니다.

신청은 회사에, 기한을 넘겨도 됩니다

근로자가 할 일은 중소기업 취업자 소득세 감면신청서를 회사에 내는 것입니다. 제출 기한은 취업일이 속하는 달의 다음 달 말일까지입니다. 찾기쉬운 생활법령정보에도 같은 기한이 적혀 있습니다.

그런데 이 기한을 넘겼다고 권리가 사라지지 않습니다. 국세청 해석(원천세과-428, 2012-08-17)은 신청기한이 지난 뒤에 제출해도 감면을 적용받을 수 있고, 그 경우에도 취업일부터 소급해서 적용받는다고 밝히고 있습니다. 기한을 놓쳤다는 이유로 회사가 접수를 거부할 근거는 없습니다.

1. 근로자가 감면신청서와 증빙(병역 복무기간 증명서류, 장애인등록증 사본, 종전 근무지 원천징수영수증 등)을 회사에 제출합니다.
2. 회사는 신청받은 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 감면 대상 명세서를 관할 세무서에 냅니다.
3. 세무서가 요건을 검증합니다.
4. 회사는 그 다음 달 급여부터 간이세액표상 소득세에 감면율을 적용해 원천징수하고, 연말정산에서 감면세액을 반영합니다.

이미 퇴사했거나 회사가 사라졌다면

퇴사한 뒤에 제도를 알게 된 경우가 적지 않습니다. 이때는 경정청구로 돌려받습니다. 2019-01-01부터 적용되는 방식입니다.

절차는 이렇습니다. 전 직장에서 감면신청서와 감면 대상 명세서 사본을 받아, 본인 주소지 관할 세무서에 경정청구서와 함께 제출합니다. 회사가 폐업했다면 회사를 거치지 않고 주소지 관할 세무서에 직접 감면신청을 할 수 있습니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 이내에 가능하므로, 지난 몇 해치를 한꺼번에 정리할 수 있습니다.

감면을 받으면 근로소득세액공제가 줄어듭니다

이 대목은 거의 안내되지 않습니다. 감면을 받으면 근로소득세액공제가 그만큼 축소됩니다. 공제액에 (1 - 감면세액 ÷ 산출세액)을 곱하는 구조이기 때문입니다. 감면세액이 산출세액의 90퍼센트라면 근로소득세액공제는 10퍼센트만 남습니다. 그래서 체감 효과는 "소득세의 90퍼센트"라는 말보다 작습니다.

국세청이 총급여 3,600만원을 가정해 비교한 수치가 이 차이를 보여 줍니다.

근로소득세액공제가 716,000원에서 71,600원으로 줄어든 것이 보이실 겁니다. 그래도 최종 결과는 234,300원을 내는 쪽과 682,220원을 돌려받는 쪽으로 갈립니다. 같은 급여를 받고 같은 공제를 적용했는데 결과가 91만원 넘게 달라집니다. 인적공제는 본인과 배우자만, 국민연금 120만원과 건강보험 100만원을 가정한 계산입니다.

2029년까지 연장하고 지방을 우대하는 정부안

현행 법에서 이 감면은 2026-12-31까지 취업한 사람에게만 적용됩니다. 이 날짜를 2029-12-31로 미루고, 근무하는 사업장이 어디냐에 따라 감면 기간과 감면율을 달리하는 내용이 재정경제부의 2026년 세제개편안에 들어 있습니다. 정부안은 2026-09-01 국무회의에서 의결돼 국회에 제출됐고, 정기국회에서 심사를 받습니다.

지금 시점에서 자기 사업장이 몇 번째 줄인지 확정할 수 있는 사람은 없습니다. 상세본은 비수도권 광역시 등과 우대지역의 세부 지역 구분을 대통령령에서 정한다고 적었고, 행정안전부 지방우대지수를 반영해 2027년 2월 정기 시행령 개정 때 반영할 예정이라고 밝혔습니다. 수도권이 서울·경기·인천이라는 것 외에는 아직 정해지지 않았습니다.

적용 시기는 2027-01-01 이후 취업해 소득을 지급받는 분부터입니다. 다만 상세본의 경과조치 항목은 "2026년 과세기간 분에 대해 해당 감면을 적용받은 경우 개정 규정 적용"이라고 적고 있습니다. 문언대로라면 이미 감면을 받고 있는 사람에게도 개정 규정이 미칩니다. 다만 국회 심사에서 바뀔 수 있는 정부안이므로, 확정된 내용은 재정경제부와 국세청 공식 사이트에서 확인하시는 편이 정확합니다.

솔직하게 말씀드리면

이 감면은 설계가 이상합니다. 신청 주체는 근로자인데 접수 창구는 회사이고, 회사는 명세서를 내는 수고를 더 질 뿐 얻는 것이 없습니다. 그래서 작은 회사일수록 안내가 없고, 직원은 제도를 모른 채 5년을 흘려보냅니다. 연 200만원 한도를 5년 꽉 채우면 1,000만원입니다. 회사가 먼저 말해 주기를 기다리지 말고 입사 첫 달에 인사 담당자에게 서식을 묻는 편이 낫습니다.

자주 어긋나는 지점

• 일용근로자는 감면 대상에서 제외됩니다.
• 법인의 임원(회장·사장·이사·감사 등)과 개인사업자의 대표자, 그 배우자는 제외됩니다. 남편이 대표인 개인사업체에서 일해도 받을 수 없습니다.
• 다니는 기업의 최대주주나 최대출자자, 그 배우자와 직계존비속도 제외됩니다.
• 국민연금 부담금·기여금이나 건강보험 직장가입자 보험료 납부 사실이 확인되지 않으면 제외됩니다. 다만 법령상 가입 대상이 아닌 경우는 예외입니다.
• 2011-12-31 이전부터 같은 중소기업에서 계속 근무해 온 경우에는 적용되지 않습니다. 계약기간 연장으로 재취업 형태를 취해도 같습니다.
• 국민연금을 내지 않는 외국인 근로자도, 사회보장협정이나 국민연금법에 따라 가입 대상에서 당연히 빠지는 경우라면 감면을 받을 수 있습니다.
• 감면 요건을 못 채우는데 적게 낸 세금은 나중에 추징됩니다. 재직 중이면 미달 세액에 105퍼센트를 곱한 금액이 원천징수세액에 더해집니다.